フォルダ監視でプログラム起動に
プログラムの部分にバッチファイルやcmd.exeのパスを指定しても
バックグラウンドで実行されているようで、
バッチファイル内で処理を問い合わせるようなものの場合うまく扱えないので困っています。なんとかなりませんか？

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> バッチファイル内で処理を問い合わせるようなものの場合うまく扱えないので困っています。なんとかなりませんか？

起動プログラムにバッチファイルが指定された場合は、ウインドウを非表示にする仕様になっています。

バッチ内で一時停止するような場合でしたら、メモ帳などのアプリケーションをバッチ内から呼び出すことで対応できますが、問い合わせをするような場合は、バッチファイルの変わりにWindowsアプリケーションを指定する必要があります。

試してみたわけではありませんので、意図したとおりに動作するかはわかりませんが、バッチファイルをexeファイルに変換するようなソフトもあったような覚えがあります。

コマンドラインアプリの実行の際に表示、非表示がオプションで選択できるようにしてもらえないでしょうか？
コマンドラインでの処理状況がわからないのと、バグがあった場合に確認ができないため。