Ver1.50において、ファイルの削除等で監視フォルダの対象ファイルが１件も無くなった場合、更新ファイル確認画面で削除されたファイルのフォルダ名が表示されない不具合がありました。
Ver1.60にて対応しましたので、バージョンアップされることをおすすめします。

また、追加機能の設定によりタスクトレイのアイコンを非表示にした場合、再度アイコンを表示する場合にはホットキー（Shift+Alt+F12）で対応することにしました。

よほどの問題がある場合は別ですが、対応ＯＳごとの設定可能なホットキーを考慮し、上記ホットキーは「固定」という仕様でいこうと思います。
何か問題があればご連絡いただければ幸いです。