プログラム起動においてプログラムのboxでは自動で「””」がつきますが、パラメーターにはつかないようです。
スペースを含むフォルダを指定した場合にうまく動作しませんでした。
監視フォルダ　j:\nds rom
%CHKPATH% j:\nds
以下のように変更したら、利用できました。
"%CHKPATH%" "j:\nds rom"
わかりづらいため、パラメーター設定の選択肢にはデフォルトですべて「””」をつけてください。
バッチ処理であったため、想定外のフォルダを実行してしまったのと、バッチ処理画面が非表示のため、何がおこったかさっぱりわからなかったためです。
一部のファイルが削除されてしまったため、同じような人を増やさないためにも早急に対応してくださいますようお願いします。
（作者様なら変更はすぐに可能な内容だと思います。）
できれば、バッチ処理の表示・非表示オプションスイッチもあわせて、改善していただければと思います。
以上、よろしくお願いします。

補足ですが、以下のHPのサポート掲示板へのリンクがきれてます。
https://www.saberlion.com/tukaeru/foldersmanual/folders_info.html

ご要望ありがとうございます。

> パラメーター設定の選択肢にはデフォルトですべて「””」をつけてください。
ご指摘の様に選択時にはダブルコーテーションを付けた方が良いかもしれないですね。
Ver.5.02 beta2 にて対応いたしました。


> できれば、バッチ処理の表示・非表示オプションスイッチもあわせて、改善していただければと思います。
画面関係の変更が伴いそうなことや、現行利用者への影響が伴いそうなことからこちらの件は保留とさせていただきます。


> 補足ですが、以下のHPのサポート掲示板へのリンクがきれてます。
> https://www.saberlion.com/tukaeru/foldersmanual/folders_info.html
修正させていただきました。ご指摘ありがとうございます。