ログオンするユーザ毎に異なった設定で起動する方法は
ありますか？

起動パラメータでINIファイルを指定できれば、
可能かとは思うのですが。

お返事遅くなりました。

> ログオンするユーザ毎に異なった設定で起動する方法はありますか？

ご利用のソフトウェアは「フォルダ監視」でしょうか？
当サイトで公開しているフリーソフトはいずれも設定内容をインストールしたフォルダ内に保存しています。

ユーザーごとに設定を変えたい場合は「マイ ドキュメント」などのユーザー固有のフォルダ配下にインストールすることで個別の設定で利用することができると思います。