コマンドラインで監視先フォルダを増やす事ができるファイル監視ソフトを探しています。
または、設定ファイルを直接書き換えて、コマンドラインから再読込を行うことで新たな設定情報で監視を行うということができれば嬉しいです。
こういう実現は難しいでしょうか。。

お問い合わせありがとうございます。

コマンドラインでというのは難しいかもしれませんが、フォルダ監視を一度だけ実行したら終了するオプションを利用して、アプリケーションから呼び出すことで可能になるかもしれません。
ただその際はフォルダ監視の設定ファイル「folders.ini」を直接いじらなくてはならないことや、フォルダ監視が終了したことをアプリケーション側で監視しなくてはならないため、あまりおすすめはできません。

参考：
●監視フォルダの設定は「folders.ini」内の「WatchFolder=」です。

●フォルダ監視を一度だけチェックしたら、フォルダ監視をすぐに終了させるには
https://www.saberlion.com/tukaeru/foldersmanual/folders_faq.html#once