初めてフォルダ監視を利用しようとしたのですが、
監視して変更ファイルが見つかってアイコン点滅が始まると、
タスクトレイのアイコンの左クリック、右クリックで本来のメニューが出てこなくなり、設定することが出来なくなります。

タスクトレイ内に表示されるアイコン(点滅無し)
・左クリック → 無効
・右クリック → 無効

タスクバーに表示される点滅中アイコン
・左クリック → 無効
・右クリック → [folders.exe][×ウィンドウを閉じる]　の表示のみ。

folders.exeをクリックすると、「複数起動する場合、別のフォルダにインストールしてください」とダイアログ表示。

環境
バージョン:Ver5.13
OS: Windows 10 Pro(64bit)
バージョン: 20H2 (OSビルド 19042.685) [winverコマンド結果]

一度なってしまうと、強制終了した後、アプリを立ち上げても、最初から点滅アイコンでなにもできません。
folders.iniを削除して起動しなおすと正常に戻りますが、改めて設定して監視すると、監視先の変更があった時点でまた同じ症状が再発します。

なにか、対処法があれば教えてください。

書き込みありがとうございます。

> 監視して変更ファイルが見つかってアイコン点滅が始まると、
> タスクトレイのアイコンの左クリック、右クリックで本来のメニューが出てこなくなり、設定することが出来なくなります。

変更ファイルが検知され、タスクトレイのアイコンが点滅状態の時は、アイコンをクリックすると変更ファイル一覧画面が表示され、
設定画面に遷移することはできません。
変更ファイル一覧画面を確認した後「閉じる」ボタンで閉じるか、「ESC」キーで一旦閉じた後、
次の監視間隔までの間にタスクアイコンを右クリックして設定画面を開いていください。

※設定画面で「設定保存」ボタンをクリックすると、その時点で現在の監視対象フォルダ内のファイル状態を取得し直しますので、ご留意ください。

回答ありがとうございます。

> 変更ファイルが検知され、タスクトレイのアイコンが点滅状態の時は、アイコンをクリックすると変更ファイル一覧画面が表示され、
> 設定画面に遷移することはできません。

　本来の動作だと、タスクトレイのアイコン点滅状態をクリックすると、変更ファイル一覧画面が表示されるのですね?
　どうもその変更ファイル一覧画面が表示されていないようです。
　タスクバー上のアイコンにポインタを置くと、ウィンドウの縮小プレビューが見えるはずですが、ここには真っ白の矩形だけが表示されています。しかし、Alt+Tabのウィンドウ切替時のウィンドウプレビューでは、「変更ファイル一覧画面」の縮小プレビューを見ることができました。

　そこで、画面外にウィンドウが表示されているのではないかと思い、参考URLなどの画面表示内にウィンドウ位置を戻す方法を試してみましたが、どれもその操作を受け付けず変化はありませんでした。
※なお、当方はマルチモニター環境で使用しています。

このような状況で、変更ファイル一覧画面を表示する方法があればご教示お願いします。

書き込みありがとうございます。

フォルダ監視はマルチモニタ環境を配慮できていないため、ご指摘のとおり変更ファイル一覧画面が画面外に表示されてしまっているのかと思われます。

変更ファイル一覧画面の表示位置は、設定ファイル「folders.ini」ファイルの下部に「Position=0,0,1000,500」の様に記述されています。
一旦フォルダ監視を終了した後、設定ファイルを直接メモ帳等で開き、ディスプレイ表示領域に合わせて該当する記述を変更してみてください。
「Position=0,0,1000,500」のパラメータは、左からX座標、Y座標、幅、高さとなっています。