フォルダ監視の一覧画面の設定で、「タスクトレイで通知後、クリックで一覧表示する」のチェックを外しておき、監視対象フォルダに変化があって一覧画面が表示される際に、別のアプリを起動してそのアプリでキー入力等を行っていると一覧画面が表示されない状況となり、かつ別アプリの入力応答が極端に遅くなる。（キーを押しても文字がすぐに表示されず、遅れてダラダラと表示される）
この状態は一覧画面を表示するまで継続されるため、別アプリの入力作業に大きな支障が出る。ただしフォルダ監視のアイコンをクリックすると一覧画面が表示されすぐに復旧する。

フォルダ監視 Version 5.13
Windows10 Pro Version 2004

> フォルダ監視の一覧画面の設定で、「タスクトレイで通知後、クリックで一覧表示する」のチェックを外しておき、監視対象フォルダに変化があって一覧画面が表示される際に、別のアプリを起動してそのアプリでキー入力等を行っていると一覧画面が表示されない状況となり、かつ別アプリの入力応答が極端に遅くなる。（キーを押しても文字がすぐに表示されず、遅れてダラダラと表示される）
> この状態は一覧画面を表示するまで継続されるため、別アプリの入力作業に大きな支障が出る。ただしフォルダ監視のアイコンをクリックすると一覧画面が表示されすぐに復旧する。
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> フォルダ監視 Version 5.13
> Windows10 Pro Version 2004

ご指摘ありがとうございます。
現象を調整した Ver.5.14 を公開しましたのでよろしければお試しください。
https://www.saberlion.com/tukaeru/soft/folders.html

【補足】
以前、パソコン操作中はウインドウを表示しない設定で CPU使用率が高くなる対応として加えた修正が影響してご指摘の現象が発生してしまっていたようです。
参考：https://www.saberlion.com/tukaeru/bbs/wforum.cgi?mode=allread&no=1136

試しにその時に加えた修正を削除しても Windows10 ではCPU使用率が高くならなかった為、OSの仕様変更により
その処置は必要なくなったのかもしれませんが、念の為、その際に加えた修正は調整して残してあります。

おそらく大丈夫だとは思いますが、旧OS等でまたCPU使用率が高くなってしまうような現象が再発してしまう方がいらっしゃいましたらご指摘ください。

その他、関連する修正も施してあります。
参考：https://www.saberlion.com/tukaeru/foldersmanual/folders_hist.html

早速のご対応ありがとうございました。
問題が解消したのを確認しました。