windows server 2016でフォルダ監視をインストールして、
PDFの追加を監視して、開くタイミングで文書のアクセス権エラーが発生します
マウス操作では問題なく開きます
どこのセキュリティをさわれば解決しますでしょうか

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テキストファイルを監視しても同様に開くタイミングで警告が表示されるか試してみてください。
警告が表示されないようでしたら、PDFファイルを開く際に何らかの渓谷が表示されている可能性が考えられます。

参考：フォルダ監視で変更を検知されたファイル一覧から、ダブルクリック等でファイルを開く場合、Windows API の「ShellExecute」を呼び出して、関連付けされたファイルを開いています。