設定画面が表示されないです。
スタートアップメニューにも表示されておらず、
削除もできずお手上げです。

複数起動する場合、別のフォルダにインストールしてください。

folders.exeによってファイルが開かれているため、操作を完了できません。
ファイルを閉じてから実行してください。

2度再起動した際
起動後直ぐにデータを開くことで削除する事は出来ました。

再インストールしましたが、同じ状態でした。

インストール、設定後
通知したいフォルダの再設定ができない・削除できない

なお、起動しているはずのアプリが
スタートアップメニュー・タスクバーに表示されませんでした。

win10です。