はっきりとした確証はないのですが、フォルダ監視がいつの間にかタスクから消えているという現象が起きています。フォルダ監視の正式版Ver4.00以前ではこういうことはありませんでした。
もう少し調べて見ますが、同様の現象の方がいらっしゃいましたらと思い掲載しました。

OS:Windows XP PRO SP1
フォルダ監視：Ver4.00正式版

フォルダ監視：Ver4.01で解決したようです。