v4.04betaを使わせていただいていましたが、v4.11にバージョンアップしてから挙動の違いに気が付きましたので報告させていただきます。

通常は常駐させず、3つのフォルダ内を監視する設定（1分間隔）で、
Windowsを終了する前に一度だけ起動させて変更を確認するという
使い方をしていました。
v4.04betaを使用しているときには、変更があった場合には
ほぼ起動と同時にポップアップが出現して変更があることを
知らせてきていたのですが、
v4.11およびv4.12betaにしてから、変更があった場合に約5秒ほど
間があってからポップアップが表示されます。その間CPU使用率が
100%になります。その後起動させ続けると、1分後のチェック時に
やはり同じように5秒近くCPUを占有された後にポップアップが
表示されます。

設定を一度消してみたりしたのですが変わりませんでした。
あいにくv4.04betaに上書きしてしまったのでバージョンを戻して
試してみることができません。
こちらの環境はXP SP2 Celeron1.7G メモリ512MBです。
バージョンアップ前と後では条件は変えていないはずなのですが、
なにか考えられる原因はありますでしょうか？

分かりやすく丁寧な書き込みありがとうございます。

ご指摘の原因ですが、その他の設定項目の「ダウンロード中など、指定秒数後も更新中のファイルは通知しない」の設定によるものだと思われます。
これは、Ver4.10 から機能追加されたもので、以前のバージョンでは、ダウンロード中やエンコード中など、ファイルが更新中でも「追加」として通知されていたものを、更新が終了した後に通知させるというものです。
つまり、初期設定では、追加されたファイルがある場合、５秒後にもう一度そのファイルを参照し、ファイルサイズが変わっていないかチェックしてます。

上記の様な利用はされない場合は、チェックをOFFにすることで、以前のバージョンと同じくらいの時間でチェックが終了すると思われます。

> その他の設定項目の「ダウンロード中など、指定秒数後も更新中のファイルは通知しない」の設定によるものだと思われます。

どうもありがとうございます。ご指摘いただいた通りでした。
更新履歴をあまり読んでいませんでした。どうもすいません。